Jean de Chalon l'antique et Jean de Chalon son fils

            Pendant les désordres de l'anarchie féodale, les seigneurs de Ruffey et d'Arlay usurpèrent une partie de ces domaines, ou les obtinrent à titre d'avoués. Jean de Chalon l'antique possédait Commenailles en 1255 puisque l'abbé de Saint Claude fut obligé à cette époque d'obtenir sa permission pour construire une église dans ce village. Il transmit cette seigneurie à Jean de Chalon l'un de ses fils, sire de Rochefort et de Chatel Belin, comte d'Auxerre et de Tonnerre comme un fief d'Arlay et un arrière fief du comté de Bourgogne.

Jean de Chalon (1190-1267)

        Il est né en 1190. Il est issu de la branche cadette des ducs de Bourgogne. Il est le fils du comte Etienne III d’Auxonne et de la comtesse Béatrice de Chalon. Il sera surnommé le Sage ou l'Antique.

       En 1237 il signe un traité avec le duc de Bourgogne qui le fait échanger ses possessions de Saône contre le comté de Salins, Arlay, Vuillafans, Ornans, et Montfaucon. Il réalise une super opération car Salins fournit le sel toute la Comté ce qui lui donne d’importants revenus. Il devient ainsi l’un des plus puissants seigneurs du Comté de Bourgogne. Ainsi Jean de chalon a la fortune nécessaire pour acquérir les terres qui lui confèreront sa puissance. Pour protéger les routes commerciales du sel, il fait construire des châteaux-forts : Le Pin, Nozeroy qui sera sa résidence, Arguel, Montmahoux, Sainte-Anne. Pour éviter les péages du Comté de Pontarlier, il achète aux moines de Saint-Claude les forêts de la région de Pontarlier, il les fait défricher et trace de nouvelles routes et il fonde de nouveaux villages : Chaux-Neuve, Châtelblanc, Rochejean. Il crée aussi des prieurés et des abbayes. Il jouit d’un très grand prestige. Il concède à Salins sa première charte d’affranchissement. De ses trois mariages successifs il aura seize enfants. Il meurt en 1267 sans pouvoir réaliser son rêve de s’installer à Besançon.

      il protège les églises, il donne des chartes d'affranchissement aux communes, il attire la noblesse à lui, et se montre en même temps un vaillant soldai. Il épouse successivement Mahaut de Bourgogne, Isabelle de Courtenay et Laure de Commercy. De celte dernière union descend Jean de Chalon, premier baron d'Arlay.

Jean 1er de Chalon, seigneur d'Arlay la vendit en 1301 à Guillaume d'Antigny, seigneur de longepierre, mort en 1302. Henri fils aîné de Guillaume d'Antigny, l'obtint dans son lot et la laissa à Huguette de Sainte Croix, sa fille aînée, rendue célèbre par l'assassina de son premier époux en 1328 et devenue en 1337, l'épouse de Philippe de Vienne, sire de Pymont.